少数の進化生物学者は
少数の進化生物学者はマルチレベル選択説を提唱し、超個体選択を遺伝子選択とは異なる現象として扱うよう主張しているが、遺伝子が自然選択の最終的な単位であるという点では議論がない。エドワード・ウィルソンはアリなどの社会性昆虫の集団について、選択の単位となるのは遺伝子ではなく集団内の育成実体であると主張し、血縁選択はハチやアリの利他的行動の起源ではないと主張した。ウィルソンの論拠はマルチレベル選択の一種、形質集団選択と呼ばれるものである。しかしウィルソンの血縁選択に関する理解の不足はたびたび指摘されている。
しかしマルチレベル選択の視点はストロマトライトを構成する微細な個体群を上手く説明できるかもしれない。というのも、これは遺伝子共有による一種の単一遺伝子プールを構成しているためである。ガイア理論を支持するリン・マーギュリスはこれが地球全体の土台となる細菌のシンビオジェネシスにも当てはまると主張している。
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デイジーワールドのようなコンピュータシミュレーションでは、生物学的選択は複数のレベルで同時並行的に起きることが示されている。
人間も体内の細菌などの微小個体を内包する超個体であるとする見方もある。次のような推定がなされている。「人間の腸内には 1013 から 1014 の細菌があり、そのゲノムの総計(microbiome)は人間自体のゲノムの100倍以上になる。… Microbiome は多糖類やアミノ酸などの代謝を大きく強化している。