6月22日、第4師団参謀の井関大佐が「この事件は一兵士と一巡査の事件ではなく、皇軍に拘る重大な問題である」と声明した。それに対して粟屋仙吉大阪府警察部長も「軍隊が陛下の軍隊なら、警察官も陛下の警察官である。陳謝の必要はない」と言明した。6月24日の寺内寿一第4師団長（寺内正毅の息子）と縣（あがた）忍大阪府知事の会見も決裂した。
この結果、問題は寺内と粟屋という軍部と警察（すなわち内務省）との対立の様相を示す。この議論は平行線を辿り、また、新聞をはじめとするマスメディアもこれを「軍部と警察の正面衝突」などと大きく報じたことによって過剰なほどの騒ぎとなった。「天皇陛下の軍隊」に対して「天皇陛下の警察官」（清水重夫）を自任する警保局を中心とする官僚たちは新たな政治勢力として意識され、「新官僚」（後の新々官僚とは別物）と呼ばれた。彼等は主に1910年代に東大を上位の成績で卒業し、中堅の幹部に昇進していた者たちであった。
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7月17日、中村一等兵は戸田巡査を相手取り、刑法第195条（特別公務員暴行陵虐）、同第196条（特別公務員職権濫用等致死傷）、同第204条（傷害罪）、同第206条（名誉毀損罪）で告訴した。
8月24日、事件目撃者の一人であった高田善兵衛が憲兵と警察からの度重なる厳しい事情聴取に耐え切れず自殺、国鉄吹田操車場内で轢死体となって発見された。なお、この事件の処理に追われていた曽根崎署長の高柳は疲労で倒れ入院したが、7月18日その一報を知った寺内は井関に「事件で心痛のあまり病状が悪化すると気の毒なので、適当にお見舞いするように」と伝えたとの逸話がある。しかしその十日後、高柳は逝去した。
最終的には、事態を憂慮した昭和天皇の特命により白根竹介兵庫県知事が調停に乗り出し、11月19日に和解が成立した。11月20日、当事者の戸田と中村が仲介した大阪地方検事局の和田検事正の官舎で会い、互いに詫びたあと握手して幕を引いた。和解の内容は公表されていないが、警察側が譲歩したものだというのが定説となっている。
結局この事件は軍と警察の面子の張り合いにすぎなかったが、解決を一番喜んだのは師団長の寺内だという。この後、現役軍人に対する行政措置は警察ではなく憲兵が行うこととされるようになり、軍部が法を超えて次第に国家の主導権を持つきっかけの一つとなった。